Пятьдесят тысяч лет назад протеане были единственной расой галактики, совершавшей космические полеты. Затем они таинственным
образом исчезли, оставив после своей империи многочисленное наследие. Считается, что именно они построили ретрансляторы и Цитадель, что позволило множеству рас исследовать галактику и расселяться в ее пределах.
Протеанские руины можно обнаружить по всей галактике. Они на удивление хорошо сохранились для своего возраста, но работающие образцы протеанской палеотехнологии встречаются редко. Время и многочисленные грабители нанесли непоправимый урон оставленным городам и заброшенным станциям протеан.
Существует мнение, что протеане принимали участие в эволюции более молодых рас. Так, например, на Кахье, родной планете ханаров, отчетливо заметны следы жизнедеятельности протеан. Бывшая наблюдательная база протеан на Марсе позволила  отдельным людям возродить движение "интервенционистского эволюционизма". Сторонники этого движения считают, что религиозная мифология древних земных цивилизаций сформировалась под воздействием ныне забытых встреч с инопланетными расами.

Диски с данными

Несмотря на все находки, являющиеся доказательством существования протеан, об их культуре и общественном устройстве известно очень немногое. Время от времени в местах раскопок обнаруживаются новые свидетельства, но разрушения, которым они подвергались в течение пятидесяти тысяч лет, сводят ценность большинства находок на нет.
Исследования, проводимые в последнее время, направлены в основном на поиск протеанских дисков с данными. Диски очень хрупкие и по отдельности их редко находят в целом виде. Но иногда диски удается обнаружить в консоли или устройстве для чтения.
К настоящему моменту было найдено около сорока дисков, еще несколько было восстановлено до состояния, пригодного к изучению. Несмотря на то, что способ получения информации с них пока не найден и его поиски могут занять достаточно много времени, диски являются самым ценным ключом к разгадке протеанской культуры. 

Маяк

Маяк - протеанский артефакт, найденный в ходе раскопок, проводимых на Иден Прайм, колонии Альянса. Схожесть маяка с протеанскими базами данных, найденными на Марсе, незамедлительно вызвала интерес Альянса и Совета Цитадели. Маяк представлял собой твердотельный накопитель данных, являвшийся частью коммуникационной сети, развернутой по всей Галактике наподобие современного экстранета. Неповрежденные образцы протеанских технологий встречаются редко; маяк мог послужить очередным скачком развития технологий, как это случилось после обнаружения двигателем, использующих эффект массы, и ретрансляторов.
К сожалению, маяк привлек также внимание предателя-Спектра по имени Сарен Артериус и его синтетических союзников, гетов. В результате атаки "Властелина", флагманского корабля Сарена, погибли сотни мирных жителей. Маяк был сильно поврежден.
Причины атаки по-прежнему выясняются. Во время операции по спасению маяка устройство произвело выброс энергии, в эпицентре которого оказался старший офицер Альянса, командующий фрегатом "Нормандия". Капитан-лейтенант Шепард выжил, вреда его здоровью причинено не было. После инцидента маяк отключился. Устройство не функционирует. 

Руины Марса

После двадцати лет исследований, проводимых на базах, и более века разведки с использованием роботов Европейское космическое агентство построило в 2103 году на Марсе город Лоуэлл, который стал первым постоянным поселением. В течение десяти лет Соединенные Штаты и Китай тоже построили свои постоянные поселения.
Часть Земли Прометея, расположенную на южном полюсе, вскоре стали сравнивать с Бермудским треугольником. Спутники зафиксировали разрозненные скопления массы и смещения магнитных полей. В 2148 году геологи-разведчики, работавшие в районе кратера Десеадо, обнаружили подземный комплекс, который оказался протеанской наблюдательной базой. Аномалии были вызваны
работой Ядра, которое продолжало функционировать, несмотря на то что было заброшено пятьдесят тысяч лет назад.
Эта новость потрясла земное население. Существование инопланетной жизни было очевидно. Пока принадлежность находки решалась в судах, международное научное сообщество совместными усилиями осуществило перевод и анализ информации, которая была получена из баз данных, найденных на территории комплекса.
Комплекс оказался наблюдательной биологической лабораторией, построенной в эпоху начала развития хомо сапиенс на Земле. Цели протеан установить не удалось, но расшифрованные записи указывали на то, что комплекс был постоянно связан с автоматическими наблюдательными платформами, размещенными на земной орбите и видимой стороне Луны. Найденные на территории комплекса шесть космических кораблей с двигателями, использующими эффект массы, вероятнее всего предназначались для персонального наблюдения.

Шифр

Информация, которую содержал протеанский маяк, найденный на Иден Прайм, передалась в сознание капитан-лейтенанта Шепарда, став причиной странных снов и видений. Образы со временем становятся четче, но их цель по-прежнему остается неясной.
Предполагается, что протеанский способ записи данных имеет высокую зависимость от феномена, который Карл Юнг называл "коллективное бессознательное". "Шифр", необходимый для понимания образов в сознании Шепарда, заключен в культурных знаниях протеан: архетипах, биологических инстинктах, обобщенном опыте, накопленном всей расой. Поскольку протеане считаются расой, вымершей тысячелетия назад, есть вероятность, что этот "шифр" так и не будет найден.